Em MY LITTLE PONY: O FILME, uma nova força negra ameaça Ponyville, e as Mane 6 – Twilight Sparkle, Applejack, Rainbow Dash, Pinkie Pie, Fluttershy, e Rarity – embarcam numa viagem inesquecível para lá de Equestria, onde conhecem novos amigos e desafios empolgantes, numa missão em que têm de usar a magia da amizade para salvar o seu lar.

A Tempest é um unicórnio de Equestria que se perdeu (e que perdeu a sua magia). Tempest, ao sentir-se zangada e traída pelos seus amigos, alia-se a Storm King e é encarregada de localizar e capturar as Mane 6. Se ela conseguir, terá a sua magia de volta. O que ela poderá aprender em breve é que a magia da amizade é a mais poderosa de todas.

Storm King é o governante maléfico e com "mão de ferro" de todas os territórios a sul de Equestria. Ele passou os últimos anos a expandir o seu império e agora quer conquistar Equestria! Barulhento, irritante e um pouco louco, Storm King derrotou todas as possíveis ameaças ao seu reino graças ao seu vasto exército de terríveis Storm Creatures.

Capper, um vigarista com lábia (que também sabe cantar), era um aristocrata pretensioso que vivia uma vida de luxo com orgulho e dignidade. Capper ficou sem um tostão e com uma dívida para a vida depois de um mau negócio com Storm King. Agora, ele depende do seu charme e inteligência para sustentar-se. Embora ele possa parecer matreiro, os crimes de Capper não são maldosos.

Outrora uma imprudente e ousada exploradora, Captain Celaeno foi agora relegada para trabalhar como uma simples mensageira de Storm King. Mas quando ela descobre os póneis a bordo da sua nave, eles ajudam-na a lembrar-se o quão incrível era no passado e dão-lhe coragem para voltar a ser aventureira e corajosa. Captain Celaeno desempenha um papel importante para ajudar os póneis a fazerem frente a Storm King!

Esfuziante, faladora, curiosa e constantemente entediada, a jovem Princess Skystar passa o tempo em Seaquestria a fazer amigos com conchas e a dar-lhes nomes como Shelly e Sheldon. Desesperada por fazer novos amigos e aventurar-se, Skystar fica entusiasmada quando as Mane 6 descobrem o seu mundo e ela acaba por conseguir convencer Queen Novo a ajudar os Póneis na sua missão.

Queen Novo é a líder dos Seaponies, que foram em tempos Hippogriffs (metade cavalo/metade grifo). Quando o Storm King invadiu o seu território, eles transformaram-se em Seaponies e fugiram para as profundezas do oceano. Apesar de achar que tomou a decisão correta, ela tem saudades da vida acima das ondas, embora não o revele a ninguém. Queen Novo é a mãe da faladora e subaquática Princess Skystar.

Songbird Serenade é A maior artista de toda a Equestria e usa as suas habilidades e voz angelical para celebrar a magia da amizade. O que faz com que Songbird seja tão adorada é a sua crença profunda nos valores sobre os quais canta. Ela doa o seu tempo e esforços a qualquer causa e está sempre pronta a retribuir o carinho aos seus fervorosos fãs.